自动化工程系（原电子工程系）是学院首批重点建设的主干系，近几年的办学条件、办学实力、影响力、知名度不断提升。我系现已形成了以电气自动化技术专业为龙头，电子信息工程技术专业、工业机器人技术专业、医疗设备应用技术专业为支撑的智能制造自动化专业群，辐射服务海西电子信息行业及自动化相关企业。电气自动化专业为国家示范专业、福建省高等职业教育示范专业，该专业荣获“福建省高职专业建设质量评价”第二。自动化工程系教学团队建设取得了优异成绩。2009年福建省教科文卫体工会工作委员会授予我系“省五一先锋岗”称号；共青团福建省委授予我系“2008-2009年度福建省新长征突击队”称号；2010年度我系被莆田市教育局、莆田市人事局联合授予“莆田市教育系统先进单位”称号。
1、师资力量雄厚：自动化工程系现有教职工30人，其中教授1人，副教授5人，高级工程师1人，高级实验师1人，硕士21人，双师型教师21位，外聘工程师和高级工程师8人。
2、实训设施配套齐全：自动化工程系拥有实验设备价值近900万元的“中央财政支持的电工电子与自动化实训基地”，电工电子与自动化实训基地被评为省级生产性实训基地，具有先进的电工、电子、供配电系统自动控制装置、工业自动化控制、电子设计自动化、电力系统自动化、现代通信技术、智能楼宇控制、柔性自动化生产线等30多个实验、实训室。可进行高级工、技师和高级技师的培训与鉴定。同时，与健康力（北京）医疗科技有限公司、通力电梯有限公司、莆田鞍钢冷轧有限公司等大型企业建立13个校外实训基地，为学生校外实训提供有力的保障。
3、质量工程成效显著：大力推行校企合作、产教融合创新型人才培养模式，狠抓质量工程，培养具有创新性的高级技术人才，取得了优异成绩。《常用电气设备维修》《单片机控制系统设计》课程被评为省级在线开发精品课程，3名老师被评为“第一届院教学名师” ， 1名被评为 “福建省教学名师” ，近5年我系学生参加全国、全省大学生电子设计竞赛，获得“全国二等奖”6人、“省一等奖”15人、 “省二等奖”24人、“省三等奖”39人；近3年毕业生就业率达到100%。毕业生100%获得相关工种的高级工职业资格证书。